微生物肥料产品中的菌种种类不是越多越好。这主要原因是要求产品中的各微生物种类要能共存、功能上能够互补。为实现同一种产品中所含菌种之间可以相容共存，微生物肥料生产工厂在设计产品时，都要做菌株拮抗试验，即将单纯的每一个菌 种在同一个培养皿的同一个培养基上进行试验，选择能互相相容的菌株用于同一批微生物菌肥中。混合后的每一个菌种都应能保持较高的存活力，不存在相互拮抗。施于土壤后还能从土壤中分离到一定数量的与微生物肥料制造中相同的菌株。