要选育出一株可以应用于工业生产的高产菌株大概的方法有：常规育种法，诱变育种法，基因工程育种法和代谢控制育种法。无论是那一种方法，都是以微生物的基因发生突变为育种的基础，只有微生物的基因发生了有利于工业生产的突变才有可能选育出高产的菌株。事实上在选育某种高产微生物菌株的过程中，不同的育种方法常常是结合在一起发挥作用的。目的性强、劳动强度低、效果显著是我们的育种原则。

目的性强，就是指我们做的一切工作都要围绕着如何提高目的产物的产量来进行。要利用微生物生产一种目的产物，首先就要对我们要生产的物质要有充分的了解，这就包括掌握目的产物的生理生化性质，组成结构，那些微生物会产生或可能产生这一物质，这些微生物会在哪里采集的到。有可能的话还有必要了解微生物产生这种物质的代谢途径和必要的的一些代谢网络的信息。只有这样才能在后面的菌种选育的过程中有目的性的选择合适的方法，使得所有的步骤和方法都是围绕着我们选育高产目的产物的菌株而服务的。

劳动强度低，就是在掌握了菌种选育的必要信息之后，要对选育高产菌种的选育方案进行优化设计，从而使选育工作的劳动强度降低。这一步骤是很有必要的，只有在确定了一个好的选育的方案以后，后续的选育工作才有保证。实验方案的优化设计还是要基于前面的信息准备，要有针对性的设计实验方案。在这里很大程度要依赖代谢控制发酵的原理和思路来对所要选育的高产菌株进行选育方案的设计。虽然菌种选育的大致框架都差不多，但是能不能选育出某一高产菌株还是要看有没有一个有很强针对性的筛选思路，这样就可以减少不必要的工作，降低菌种选育的劳动强度。

效果显著，就是选育出的菌株确实是提高了产量的菌株。这是检验一个育种试验设计是否正确和高效的最直接的标准。在这一环节中要求要有一个快速高效的筛选机制，如果没有一个好的筛选高产菌株的方法，就算在正确的育种思路指导下，菌株发生了正向的突变，筛选不出来前面的努力也是白费。所以如何建立一个快速有效的筛选方法在高产菌株的选育中是很重要的。筛选方法的建立还是要在微生物的代谢途径和目的产物的理化性质上下功夫。

最后，我们选育高产菌株的目的是要能进行工业化的生产，所以在出发菌种的选择上就要首先考虑我们所选择的出发菌株是不是有大规模发酵生产的潜力，这样我们选育出来的菌株才有价值，毕竟做菌种选育和改良的目的还是要追求经济利益，所以这一思想要贯穿菌种选育的整个过程。

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