作为饵料

海洋红酵母富含蛋白质、不饱和脂肪酸、B族维生素和消化酶，适合作为虾、蟹、贝类等海产动物幼体的饵料。它与海产动物幼体培育进程中的其它代用饵料（如蛋黄、干酵母和藻粉等）相较，具有营养稳固，在海水中分散均匀、不易沉淀等优势，既不污染水体，又提高了饵料的利用率，是幼体培育中最佳的活性饵料。

提高免疫力

海洋红酵母含有的葡聚糖和甘露寡糖能够刺激细胞免疫和体液免疫，增强抗应激能力。其中β - 1,3 - D - 葡聚糖对异体宿主防御系统具有较强的诱导和活化作用，是一类活性强、毒副作用低的良好生物应答效应物，对肿瘤、感染等疾病具有医治作用；甘露聚糖具有抗瘤、抗癌、抗感染的作用，又可用作药物的良好载体。

天然色素来源

海洋红酵母富含的β - 胡萝卜素和虾青素等类胡萝卜素，不仅为养殖生物提供色素，还具有抗氧化功能，提高成活率和抗应激能力。这有助于改善水产动物的体色，例如鱼体颜色浓淡的变化，是由细胞内色素颗粒的集中和分散以及色素细胞数量多少的作用结果，类胡萝卜素群可影响水产动物体表和肌肉的颜色。

生态养殖

海洋红酵母作为活菌制剂，能够分解有害成分，净化水质，抑制有害微生物生长，降低抗生素使用。在水产养殖面临抗生素的过度使用和饵料蛋白源不足等问题的情况下，海洋红酵母作为益生菌和蛋白营养源被普遍应用。

其应用对象有鱼、虾、蟹、贝、海参等水产动物幼体浮游期等。