微生物菌肥适用于所有的作物。施用微生物菌肥后普遍使土壤生物量增加，如果同时配施有机肥，水分温度得到满足时，微生物繁殖加快，生物功能更加活跃，微生物肥料的多种特性得到充分发挥。不同的作物是否对不同的微生物加料有不同的要求？直至目前，由于农田土壤巨大的缓冲性，使用不同的微生物在不同的作物上没有表现太多的不同作用。微生物肥料的作用是和有机质共存共同显现的，保证质量的微生物菌剂在不同的作物上表现出更多的普适性。