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通常情况下，植物是利用异养微生物的作用使土壤中存在的有机物被分解，再利用分解获得的养分使系统中存在的营养物质循环得到维持。当然，微生物也可以充分利用自身细胞使得碳元素以及其他的营养物质得到固定，例如：可以有效利用固氮使得土壤的含氮量得到增加，可以充分发挥微生物的生命活动使得土壤中含有的水溶性磷、钾量得到提高，由此可以使得土中元素的转化率以及利用率有所增加，从而让植物养分供应能力得以提升。为什么固氮微生物肥料可以使得土壤中的氮含量得以增加呢？现以根瘤菌为例进行说明。根瘤菌能够把空气中存在的氮气转化为植物吸收利用所需要的氮，作用机理可以由以下方程式表示：N2+e+H++ATP→NH3+ADP+Pi
2、刺激作物生长
由于微生物在进行代谢活动的时候不仅可以形成酚类化合物、细胞分裂素、赤霉素以及衍生物等植物激素，而且也能够形成烟酸和泛酸等酸性物质，同时还能够形成维生素等活性物质。而这些植物激素、酸性物质以及活性物质对于作物的生长都能够起到良好刺激作用。微生物所形成的细胞分裂素对于植物根系的生长具有较高的促进作用，共生微生物所形成的植物激素也能有效促进植物的生长和发育。3、控制病虫害
复合微生物肥料中存在众多的有益微生物，而他们的大量繁殖可以让他们在作物根际土壤微生态系统中建立良好的优势种群，从而使病原微生物的生长和繁殖受到很大程度的限制。所以，复合微生物肥料可以有效控制有害病原微生物的成长，能够使得作物病虫害的发生率明显下降。除此之外，如果使用了芽孢杆菌等可以分泌抗生素的微生物，那么植物根际在进行繁殖与生长的过程中，这些分泌出来的抗生素能够有效屏障部分病原菌以及病毒等，因此，其可以有效减少土传病害现象。4、增强作物抗逆能力
由于复合微生物肥料具有诱导作物形成过氧化物酶和超氧化物歧化酶等菌种存在，而这些菌种都是可以增强作物抗逆性的物质。当作物因为虫害、干旱、病害、衰老以及盐碱等不利现象迫害的时候，过氧化物酶和超氧化物歧化酶等菌种便可以通过消除自身自由基的方法来大限度得减轻外界环境对作物的负面影响。5、降解有害物质
复合微生物肥料中具有降解植物自毒物质的特殊微生物存在，其可以有效减少重茬对作物生长所造成的伤害。这些特殊的微生物可以让土壤中存在的杀虫剂、除草剂以及杀菌剂残留物质得到有效降解。因此，复合微生物肥料对于外来有害污染物起到了很好的降解作用，其在一定程度上减少了外来物质的不良影响，使土壤得到了有效的净化。6、改善土壤结构
在作物培育的过程中科学、合理的使用复合微生物肥料可以有效减少化肥的使用，这就减少甚至避免了大量施肥所造的土壤团粒结构破坏的现象。并且，采用复合微生物肥料可以有效增加作物的根系量。作物根系是提供土壤有机质的重要部位，主根系量的增加让土壤中存在的腐殖质、黏土以及Ca2+得到充分结合，从而构成有机无机复合体，这样对于建立土壤中水稳性团聚体起到了良好的促进作用。若是把其和常规施肥进行比较，可以发现施加复合微生物肥料能够有效增加土壤阳离子的交换量，因此，其在一定程度上改善了土壤的结构。
