2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。

3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。

4、危害人体健康。

5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。

6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。

7、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。

生物菌肥料的优点：

1、改良土壤

2、固氮、解磷、解钾功能

3、提高作物品质。

4、达到生物防治病害的效果，灌根可控制土壤中的病菌，喷到叶面，可防止病害的入侵。

5、促进作物早熟和延长采收期。由于土壤理化性质得到改善，土壤养分丰富且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期。

6、和有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤，2-3年就可使土壤完全达到生产有机作物的标准，且因为有益菌能够快速分解有机物质为作物吸收，所以克服了有机肥料肥效慢的特点，单施有机肥产量低的特点。

7、生物菌肥不像化肥那样，一次性将过量的可溶性营养元素带入土壤，生物菌肥可避免环境污染，且有益菌不断的在植物根系周围不断的繁殖代谢，持续地、非过量的向作物提供营养。