微生物制剂是由多种微生物复合而成的制剂，其存在的基础是多种微生物之间互惠互利关系，益生菌进入水体和肠道后，与正常菌群显现出栖生、偏生、共生、竞争或吞噬等复杂关系，从而对宿主产生营养、免疫、刺激生长及生物拮抗等生物作用，来保持肠道微生态平衡，提高水生动物生产性能，预防疾病发生。

一、微生态平衡

水生动物体内存在一种或数种优势种群，形成一种动态的微生态平衡，这种平衡会由于病原体侵入，环境因素发生变化等原因而被破坏，一旦超过宿主动物的适应能力，就会使动物免疫力下降，导致营养和生长障碍及疾病发生。这时补给适当的有益微生物，使有益菌在数量和作用强度上占有绝对优势，抢占点位形成生物保护屏障。有益菌群繁殖代谢会抑制致病菌生长繁殖，从而保持菌群正常平衡，修复微生态环境，让水生动物恢复健康状态。因为水生动物肠道中优势种群是厌氧菌，而微生物制剂主要成分就是优势种群菌株，其作用就是在于恢复或补充优势种群，使失调的微生态达到新的平衡。即使有部分好氧微生物制剂如芽孢杆菌进入水生动物肠道内在生长繁殖中会消耗肠内游离氧，造成厌氧环境，也会促进正常厌氧菌生长繁殖，恢复菌群平衡。

二、改善体内外生态环境

水产上使用的微生物制剂几乎均有调节水质改善生态环境之功能，光合细菌具有独特的光合作用功能，能直接消耗利用水中有机物氨态氮，还可利用硫化氢并通过反硝化作用去除水中亚硝态氮从而改善水质。益生菌进入水体后，可以参加水体物质循环，把有机物降解为硝酸盐、磷酸盐和二氧化碳等，为单细胞藻类提供营养，而单细胞的光合作用又为有机物的氧化分解及微生物和水生动物的呼吸提供溶氧，构成一个良好循环。

三、生物夺氧及竞争性排斥

多数病原菌微生物属于需氧菌或兼性厌氧菌，一旦微生物失调，局部氧分子升高，病原菌繁殖加快，使用微生物制剂可以降低局部氧浓度，抑制病原微生物生长，恢复生态平衡。

四、预防疾病作用

有的益生菌通过竞争宿主作用调节菌群结构，包括粘附占位，营养能源争夺，如乳酸杆菌可粘附宿主肠道，竞争生长环境和营养成分，从而抑制病原菌生长。有的益生菌在生长过程中产生抑菌物质，如乳酸菌产生乳酸、乳酸菌素、过氧化氢等可拮抗、抑制、杀死病原微生物。乳酸杆菌、芽孢杆菌可产生细菌素和有机酸等物质，其作用类似抗生素，对病原菌有生物拮抗作用。芽孢杆菌在代谢过程中产生有机酸及能量营养物质也会降低局部pH抑制有害菌生长和繁殖。

五、刺激免疫系统，增强机体免疫力

微生物制剂在增强免疫力主要体现在内服上，生态养殖六定模式中之所以把定期内服放在第一，就是这个道理，微生物制剂作为饲料添加剂或拌料内服都是良好的免疫激活剂，能有效提高巨噬细胞活性，增强机体免疫力，并可改善水生动物血液成分及其流动性，提高抗逆能力，还有的益生菌如复合菌Em能增强酶的活性，促进肠蠕动，维持黏膜结构完整，利于消化吸收，激活免疫系统，防止有毒物质积累，从而保证微生态正常运转。

六、促生长作用

    微生物制剂具有促生长作用，其菌体本身含有大量营养物质，在代谢过程中可产生动物生长所需的维生素、有机酸、蛋白质等未知生长因子。如芽孢杆菌在肠道内生长繁殖可产生多种营养物质，如维生素、氨基酸、有机酸等参与机体新陈代谢，为机体提供营养物质。地衣芽孢杆菌可产生蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、葡聚糖酸、纤维素等，可裂解植物细胞壁，进而提高饲料消化吸收率。酵母菌可产生纤维酶、植物酶可提高水生动物对纤维素的利用，促进磷的消化吸收，减少对环境的污染，预防和减少甲壳类软壳病的发生。

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